Ja, Ausnahmen können definiert werden. Ein Beispiel (in der .htaccess):

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#.htaccess
AuthType Basic
AuthName "Secure"
AuthUserFile /home/hiroyuki_sakai/public_html/x/.htpasswd
<Files *.*>
require valid-user
</Files>
<Files index.php>
satisfy any
</Files>
<Files .htaccess>
order allow,deny
deny from all
</Files>

In diesem Beispiel würde die “index.php” von dem Schutz ausgenommen und könnte normal abgerufen werden. Wenn Du hier das Schnittstellen-Script (php o.ä.) einträgst, dann kann mit diesem Script ohne Passwortabfrage kommuniziert werden.

Aber Achtung:
Wenn Du in der Schnittstelle eine andere Datei auf die Weise einbindest, dass der Client diese Datei laden muss, dann hast Du ggf. einen weiteren Zugriff auf das geschützte Verzeichnis. Ein Beispiel dafür sind CSS Dateien: Dein Script gibt eine Meldung aus, für deren Darstellung der Client eine CSS Datei nachladen muss. Wenn diese nun in dem geschützten Verzeichnis liegt, kommt es daher natürlich zur Passwortabfrage. Es ist ein beliebter Fehler